农村的宅基地自建房可以办理房产证，一般去乡镇办理。根据房屋登记办法：
第八十二条 依法利用宅基地建造的村民住房和依法利用其他集体所有建设用地建造的房屋，可以依照本办法的规定申请房屋登记。
第八十三条 因合法建造房屋申请房屋所有权初始登记的，应当提交下列材料：
（一）登记申请书；
（二）申请人的身份证明；
（三）宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；
（四）申请登记房屋符合城乡规划的证明；
（五）房屋测绘报告或者村民住房平面图；
（六）其他必要材料。
申请村民住房所有权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。